企業的規模或邊界 新制度經濟學和馬克思經濟學企業理論都是依照某種經濟績效準則，通過技術、市場、資本屬性等變量來說明企業在不同狀態下的最優規模的。但是，這兩大學說的企業規模理論在具體層面上存在著差異。 第一，在引導企業進行規模調整的績效準則上，馬克思關于企業規模分析的績效標準主要是以價值規律為主的，其基本特點是客觀性和變動性，體現了具體問題具體分析的邏輯；而新制度經濟學企業規模理論的經濟績效準則是建立在主觀效用價值論基礎之上的，盡管引入交易費用使其經濟學研究逼近現實，但新制度經濟學企業理論所依據的經濟績效準則依然是新古典經濟學的帕累托最優準則。其中缺乏支配企業發展的動態性因素，僅局限于對發達資本主義階段的分析，在解釋企業長期規模調整狀況時陷入困境。

第二，在企業進行規模調整依據的經濟指標上，馬克思經濟學給出了技術、市場和價值三者之間的內在邏輯關系，而新制度經濟學企業規模理論卻用“交易費用”、“專用性”等概念概括可能影響企業規模的所有因素，具有明顯的調和特征。 第三，在研究企業規模的方法論特點上，馬克思經濟學企業規模理論應用了規范分析與實證分析相結合的方法，而新制度經濟學企業規模理論只是停留于企業規模邊界的規范分析。 企業內部的權利結構安排 新制度經濟學關于企業內部權利結構安排有代表性的理論包括科斯的“企業契約理論”、以格羅茨曼和哈特為代表的“新產權理論”、以詹森和麥克林為代表的“委托-代理理論”和以阿爾欽和德姆塞茨為代表的“團隊生產理論”，由于各自的關注點不同，以上新制度經濟學家們的研究各有側重，他們的觀點并未合成一個統一的理論體系。而馬克思經濟學對企業內部基本結構與關系的研究以唯物史觀為理論背景，用統一的邏輯脈絡說明資本主義企業形態的發展及資本與勞動關系變遷的歷史必然性。具體說來，這兩大學說體系關于企業內部權利關系結構的觀點區別，大體表現為以下方面： 第一，新制度經濟學的“剩余權利”是基于不完全契約的“剩余”，是用以說明企業內各利益相關者關系的重要概念；而在馬克思經濟學中也存在類似的“剩余權利”，用以說明資本與勞動間的控制與反控制關系，但這種“剩余權利”并非不完全契約而產生的剩余，而是體現了特定技術發展過程中資本與勞動雙方的力量對比關系。 第二，新制度經濟學認為通過某種符合“理性”的制度調整，就可以實現交易費用的減少和企業內部基本經濟關系的改變；但馬克思經濟學認為良好的經濟績效狀態不是通過生產關系意義上的靜態制度調整就可以獲得的，經濟關系的變化更根本地是基于經濟關系中各利益相關者力量的對比狀況，而這又取決于他們所代表的要素在核心生產技術應用中的地位。 第三，新制度經濟學家們針對現代企業關系，力求在人力資本與非人力資本間尋求合適的剩余權利分配關系；而馬克思經濟學的研究表明，現代企業中的一系列問題的根本癥結在于人力資本與非人力資本的分離，經濟發展的趨向應當是由各種形式高級的、全面發展的勞動者聯合占有非人力資本，只有這樣才能真正激發生產效率。 總之，無論是新制度經濟學還是馬克思經濟學，都是對傳統經濟學的“市場機制和諧論”的一次挑戰和反思，是更符合現代社會經濟運行規律的。這兩大學說體系相比較而言，馬克思經濟學的企業理論建立在唯物辯證的歷史觀這一基礎之上，更適應于現代企業的動態發展過程；但新制度經濟學的許多新的理論觀點，比如對知識資源在企業中的重要性的論述等可以成為馬克思經濟學有力的補充。在今后的理論研究中，應力求吸取這兩大學說企業理論中的精髓，并將其辯證地應用于企業改革的實踐中，從而指導我國新一輪國企改革的縱深發展，并加快完善我國的現代企業制度體系。