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摘要：為明確豬SPDEF基因的遺傳特性,試驗對不同豬種SPDEF基因的CDS區(qū)進行序列擴增、測序、拼接,并對撒壩豬SPDEF基因CDS序列進行生物信息學(xué)分析。采用PCR直接測序法測定豬SPDEF基因外顯子序列,運用SeqMan進行序列拼接。采用生物信息學(xué)軟件分析撒壩豬SPDEF基因開放閱讀框及其編碼蛋白的基本理化性質(zhì)、疏水性、信號肽、跨膜區(qū)、亞細胞定位、磷酸化位點、糖基化位點、二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)、功能結(jié)構(gòu)域,并構(gòu)建系統(tǒng)進化樹。結(jié)果表明,各豬種SPDEF基因編碼區(qū)僅在外顯子1、2分別檢測到1個同義突變(C13971T、C16541T),表明該基因編碼區(qū)在所檢測的豬群中高度保守。生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn),該基因有1個長1 092 bp的完整開放閱讀框;SPDEF蛋白中絲氨酸(Ser)含量最高(10.7%),體外理論半衰期為30 h,屬于不穩(wěn)定的親水性蛋白;該蛋白不存在信號肽及跨膜結(jié)構(gòu),存在39個潛在的磷酸化位點和1個糖基化位點,亞細胞定位于細胞質(zhì);二級結(jié)構(gòu)預(yù)測中,參與無規(guī)則卷曲的氨基酸最多(55.10%),其次是α-螺旋(28.37%);功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測發(fā)現(xiàn),該蛋白存在1個ETS功能結(jié)構(gòu)域和1個SAM-PNT功能結(jié)構(gòu)域。系統(tǒng)進化樹結(jié)果顯示,撒壩豬與牛、綿羊和山羊的親緣關(guān)系較近。本研究為進一步分析撒壩豬SPDEF基因的功能奠定了一定的理論基礎(chǔ)。

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