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摘要：轉(zhuǎn)錄因子通過與基因上游特定序列結(jié)合,調(diào)控著靶基因在特定的時間和空間以一定的強度表達.不同的轉(zhuǎn)錄因子之間通過多種方式相互組合,為這一調(diào)控過程提供了更多的可能.為了研究與表達相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控模式,以GM12878細胞系作為研究對象,基于該細胞系的兩種RNA-seq數(shù)據(jù),得到了高、低表達基因集合,根據(jù)83種轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的ChIP-seq數(shù)據(jù),在兩個數(shù)據(jù)集中分別構(gòu)建了與基因表達緊密相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子互作網(wǎng)絡(luò),并利用軟件Cytoscape對網(wǎng)絡(luò)進行可視化,從而直觀地展現(xiàn)了高低表達基因中轉(zhuǎn)錄因子的相互作用模式.同時,利用WGCNA（Weighted Correlation Network Analysis）構(gòu)建了轉(zhuǎn)錄因子的共調(diào)控網(wǎng)絡(luò),發(fā)現(xiàn)高表達基因集合的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的一些子網(wǎng)模式與WGCNA構(gòu)建的共調(diào)控模塊得到對照.最終在高表達基因轉(zhuǎn)錄因子相互作用網(wǎng)絡(luò)中發(fā)現(xiàn)占據(jù)重要地位的轉(zhuǎn)錄因子BCL11A和特異的組合模式（NFYA-NFYB-SP1）,另一種組合模式（BATF-IRF4）則同時存在于高低表達基因的網(wǎng)絡(luò)中.

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