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基于頻率的Read Mapping種子選擇算法

馬海濤; 祁實(shí); 于長永; 趙宇海 東北大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與工程學(xué)院; 遼寧沈陽110169

摘要：選擇具有最低頻率的最優(yōu)種子是一個(gè)復(fù)雜的計(jì)算問題,往往需要很長時(shí)間.提出了一種read的基于頻率的合并種子選擇算法(FMSS),該算法能夠高效地選擇接近最優(yōu)的種子集合,可用于改善現(xiàn)有映射工具的性能.實(shí)驗(yàn)對(duì)比了平均種子選擇方法和當(dāng)前最優(yōu)的種子選擇策略(OSS,optimal seed solver),結(jié)果顯示FMSS算法能夠用很少的時(shí)間代價(jià)給出接近OSS的最優(yōu)種子集合,這表明FMSS算法可集成到現(xiàn)有映射工具中用于處理更大規(guī)模的read mapping問題.

注: 保護(hù)知識(shí)產(chǎn)權(quán),如需閱讀全文請(qǐng)聯(lián)系東北大學(xué)學(xué)報(bào)雜志社