小麥SBP基因家族生物信息學分析
摘要：SBP基因家族是植物所特有的一類重要轉錄因子,含79個氨基酸殘基保守結構域,主要參與植物生長發育、生理生化過程。為進一步探討小麥SBP基因家族的基因功能,通過比對小麥最新基因組數據,結合公布的Chinese Spring的基因組數據,采用生物信息學方法對其基因結構、染色體分布、蛋白保守結構域、系統進化樹及表達譜進行分析。結果獲得了50個SBP基因,命名為TaSBPs,根據染色體編號排列為TaSBP1~TaSBP50。結果表明,50個小麥TaSBP基因分布于除4B、4D染色體外的其余19條染色體上,編碼192~1104個氨基酸,基因外顯子數量2~11個變化不等;串聯重復和片段復制是小麥SBP家族基因擴張的主要模式;7種作物SBP基因的系統進化樹可分為4個類別,同一類之間的結構較為相似;小麥50個TaSBP基因家族含有10個motif,推測小麥TaSBP基因家族應都含有motif1、motif2、motif4。50個TaSBP基因都在13個組織器官中檢測到轉錄本,不同組織器官中TaSBP基因的表達存在明顯的差異。
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