鐵皮石斛熱激轉(zhuǎn)錄因子(Hsf)基因家族鑒定及生物信息學(xué)分析
摘要:[目的]鑒定鐵皮石斛熱激轉(zhuǎn)錄因子(Hsf)基因家族成員,并進(jìn)行生物信息學(xué)分析,為深入研究該家族在鐵皮石斛熱應(yīng)激響應(yīng)中的調(diào)控機(jī)制提供理論參考。[方法]以擬南芥和水稻Hsf蛋白氨基酸序列為參考序列,在鐵皮石斛蛋白數(shù)據(jù)中搜索其同源蛋白序列,利用SMART和Pfam數(shù)據(jù)庫(kù)鑒定出其Hsf基因家族成員。利用生物信息學(xué)方法對(duì)鐵皮石斛Hsf基因家族組成、基因結(jié)構(gòu)、啟動(dòng)子區(qū)順式作用元件及其編碼蛋白結(jié)構(gòu)域和進(jìn)化關(guān)系等進(jìn)行分析。[結(jié)果]共鑒定獲得23個(gè)鐵皮石斛Hsf基因家族成員,編碼氨基酸數(shù)量為132~514個(gè),平均343個(gè),多數(shù)屬于酸性蛋白和親水性蛋白,可分為HsfA、HsfB和HsfC組,其中HsfA組成員13個(gè)、HsfB組成員9個(gè)、HsfC組成員1個(gè)。除DoHsfA3僅包含motif 1和motif 2外,其他HsfA組蛋白均含有motif 1~motif 5,HsfB和HsfC組蛋白均缺少motif 5。鐵皮石斛Hsf蛋白缺少A9、B3、B5和C1亞類成員,與同屬于單子葉蘭科植物的小蘭嶼蝴蝶蘭Hsf蛋白親緣關(guān)系最近。HsfA組成員包含完整的HSF功能域和卷曲螺旋(CC)功能域,HsfB和HsfC組成員缺少或含不完整的CC功能域。DoHsfA1A蛋白具有保守的絲氨酸苯丙氨酸纈氨酸精氨酸谷氨酰胺序列。鐵皮石斛Hsf基因啟動(dòng)子區(qū)含有大量激素響應(yīng)、脅迫響應(yīng)和生長(zhǎng)相關(guān)元件。[結(jié)論]鐵皮石斛Hsf基因家族成員進(jìn)化較保守,其生物學(xué)功能存在明顯物種特異性,進(jìn)化關(guān)系較復(fù)雜,推測(cè)其在不同的非生物脅迫和植物激素信號(hào)途徑中發(fā)揮潛在“節(jié)點(diǎn)”作用。
注: 保護(hù)知識(shí)產(chǎn)權(quán),如需閱讀全文請(qǐng)聯(lián)系南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)雜志社