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重建二倍體個(gè)體單體型的改進(jìn)環(huán)基算法

鄔慧敏; 吳璟莉 廣西師范大學(xué)計(jì)算機(jī)科學(xué)與信息工程學(xué)院; 廣西桂林541004; 廣西師范大學(xué)廣西多源信息挖掘與安全重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室; 廣西桂林541004; 廣西區(qū)域多源信息集成與智能處理協(xié)同創(chuàng)新中心; 廣西桂林541004

摘要：Hap Compass算法是求解最少帶權(quán)邊刪除模型（the minimum weighted edge removal,MWER）的有效啟發(fā)式方法,該算法采用刪除權(quán)值絕對(duì)值最小的邊的方式消除沖突環(huán)基,當(dāng)同時(shí)存在多條權(quán)值絕對(duì)值最小的邊時(shí),HapCompass隨機(jī)選擇刪除邊,導(dǎo)致求解方案的不確定性,降低重建效果。針對(duì)該問題,提出IHap Compass算法,改進(jìn)去邊規(guī)則,利用00 11 和01 10分型的片段支持差異數(shù)與總片段數(shù)之間的比值來確定刪除邊,對(duì)隨機(jī)取值問題做出有效限定。此外,IHap Compass以單體型中0/1取值的概率為圖中孤立點(diǎn)賦值,明確孤立點(diǎn)取值。采用真實(shí)單體型數(shù)據(jù)進(jìn)行測試,結(jié)果表明,IHap Compass算法在各種參數(shù)設(shè)置下,均能獲得較算法Hap Compass、DGS和Fast Hare更高的單體型重建率,具有較高的執(zhí)行效率。該算法為求解二倍體個(gè)體單體型重建問題提供一定的參考。

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