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Gateway技術(shù)構(gòu)建菊芋塊莖全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)及EST測(cè)序分析

楊少麗; 秦松 中國(guó)科學(xué)院煙臺(tái)海岸帶研究所; 中國(guó)山東煙臺(tái)264003

摘要：為豐富菊芋功能基因組學(xué)研究基礎(chǔ)平臺(tái),以成熟期菊芋塊莖為材料,將菊芋全長(zhǎng)cDNA與Gateway供體載體pDONR222重組,構(gòu)建了菊芋非剪切型全長(zhǎng)cDNA文庫(kù)。文庫(kù)質(zhì)量分析表明：未經(jīng)擴(kuò)增的原始文庫(kù)庫(kù)容量為5.76×10 6 CFU,插入片段大小主要為1～3000 bp,重組率為100%（24/24）,達(dá)到了高質(zhì)量文庫(kù)的標(biāo)準(zhǔn)。利用該文庫(kù)進(jìn)行表達(dá)序列標(biāo)簽（expressed sequence tag, EST）測(cè)序,得到2639條高質(zhì)量的EST序列,拼接后獲得1895條非重復(fù)的唯一表達(dá)序列（unigene）。與NCBI的NR數(shù)據(jù)庫(kù)同源比對(duì)分析表明,共有1533條unigene（80.9%）與已知基因有顯著的同源性。GO分類結(jié)果顯示：菊芋塊莖表達(dá)基因在分子功能類群中,結(jié)合和催化活性所占比例最高。此cDNA文庫(kù)將可用于菊芋功能基因組研究、新基因篩選、高通量EST測(cè)序以及菊芋cDNA芯片的制備等。

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