基于轉錄組數據的齒緣刺獵蝽微衛星分子標記開發
摘要：【目的】齒緣刺獵蝽Sclomina erinacea是我國獵蝽科天敵昆蟲常見種類,其不同地理種群存在明顯形態差異。本研究旨在利用已經獲得的齒緣刺獵蝽轉錄組數據篩選微衛星位點,為齒緣刺獵蝽種群遺傳多樣性和遺傳分化研究開發可靠的微衛星分子標記?！痉椒ā炕诟咄繙y序技術平臺Illumina HiSeqTM 2000獲得齒緣刺獵蝽轉錄組數據(42 215條unigenes),利用MISA軟件進行搜索發掘SSR標記;利用Primer Premier 3軟件設計SSR引物,從中隨機選取54對SSR引物,利用PCR技術在中國齒緣刺獵蝽9個地理種群上進行驗證?！窘Y果】利用MISA軟件搜索到微衛星位點2 395個,它們分布在2 107條unigenes上,其主要重復類型是三核苷酸重復(占總SSR的44.43%),其次是二核苷酸重復(占總SSR的40.08%),再次是四核苷酸重復(占總SSR的12.94%)。利用Primer Premier 3軟件成功設計出2 000余對SSR引物。隨機選取的54對引物對9個齒緣刺獵蝽不同地理種群進行的SSR位點PCR擴增結果表明,共有16對引物較好地擴增出目的片段。【結論】研究表明利用齒緣刺獵蝽轉錄組數據可以大量發掘微衛星分子標記。本研究為進一步開展齒緣刺獵蝽的種群遺傳學研究奠定了基礎。
注: 保護知識產權,如需閱讀全文請聯系昆蟲學報雜志社
相關推薦
更多
