基于ITS和cpDNA序列的梭梭和白梭梭物種分化
摘要：【目的】基于nr DNA和cp DNA 2種基因,探討中國同域分布的梭梭和白梭梭的物種分化,分析2種基因的單片段及其片段組合對2種植物的物種鑒別力,并分析生態位分化的程度及其對物種進化的影響,為梭梭和白梭梭的系統發育和譜系地理等研究提供基礎數據。【方法】基于2個nr DNA序列(ITS2、ITS1-ITS4)和3個cp DNA非編碼區序列(trn S-trn G、rps4和trn V),對古爾班通古特沙漠南緣同域分布的梭梭和白梭梭共30個個體進行序列分析;利用距離法(基于Kimura 2-parameter)研究2種植物的遺傳分化;基于貝葉斯方法分析個體間的分子系統關系;并利用距離法、系統發育樹法、BLAST比對法和診斷特征法評價ITS和cp DNA的單序列及其組合對2種植物的物種鑒別力。在此基礎上,利用生態位分析軟件ENMTools V1. 4定量分析梭梭與白梭梭生態位分化的程度。【結果】1)對于梭梭和白梭梭,2個ITS序列拼接比對的總長均為1 117 bp,G+C含量平均分別為34. 74%和34. 82%,總的信息位點數分別占片段總長的2. 33%和1. 43%;3個cp DNA序列拼接比對的總長均為2 344 bp,G+C含量平均分別為59. 62%和59. 39%,信息位點數分別占片段總長的0. 68%和0. 43%。2)基于ITS和cp DNA序列組合構建的貝葉斯系統發育樹都表明梭梭和白梭梭各聚為一支。3)基于ITS和cp DNA序列組合計算的2種植物的種間最小遺傳距離均大于種內的最大遺傳距離,并且種間種內都存在1個明顯的距離間隙,表明本研究所用的ITS和cp DNA的序列組合可以作為鑒定梭梭和白梭梭的DNA條形碼序列。4)基于4種方法評價的ITS和cp DNA序列對梭梭和白梭梭的物種鑒別力表明:2個ITS的單序列及其序列組合的鑒別率均為100%;cp DNA序列中,rps4的單序列及其與trn S-trn G,trn V的兩兩序列組合的鑒別率均為0,而trn S-trn G,trn V的單序列及其序列組合,以及trn S-trn G+trn V+rps4組合的鑒別率均為100%。5)生態位參數D值?
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