金針菇小G蛋白R(shí)an的序列特征與表達(dá)分析
摘要:基于金針菇(Flammulina velutipes)基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),運(yùn)用本地BLAST方法,找到一個(gè)小G蛋白R(shí)an的編碼基因,命名為FvRan1。運(yùn)用生物信息學(xué)方法進(jìn)行分析,結(jié)果顯示:該基因全長為1337bp,編碼區(qū)長度為1079bp,包含7個(gè)外顯子和6個(gè)內(nèi)含子,其中4個(gè)內(nèi)含子(11、12、13、16)在mRNA加工過程中存在可變剪切現(xiàn)象。通過氨基酸序列同源比對和系統(tǒng)發(fā)育分析發(fā)現(xiàn),F(xiàn)vRanl具有5個(gè)G-Box保守結(jié)構(gòu)域和2個(gè)效應(yīng)器開關(guān),與擔(dān)子菌中Moniliophthora roreri以及Trametes versicolor的親緣關(guān)系最近。采用RT-qPCR研究FvRan1在不同生長時(shí)期及部位、伸長期菌柄的不同部位以及豎直、微重力(旋轉(zhuǎn))、水平3個(gè)不同處理?xiàng)l件下的表達(dá)量,結(jié)果表明,F(xiàn)vRan1在成熟期菌柄中的表達(dá)量最高;在金針菇伸長區(qū)段的表達(dá)量顯著高于生長點(diǎn)和非伸長區(qū)段;在模擬微重力條件下,F(xiàn)vRan1呈顯著上調(diào)表達(dá)。FvRan1基因在金針菇菌柄伸長與重力應(yīng)答過程中可能具有正調(diào)控作用。
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