草魚7個插入/缺失型突變多態性及與幼魚生長性狀關聯分析
摘要：對草魚生長性狀進行數量性狀基因座(quantitative trait locus,QTL)定位過程中,在15號連鎖群中定位到一個與體質量相關的QTL,本研究根據已有的草魚遺傳連鎖圖譜和基因組序列,擬用短片段重復序列(short tandem repeat,STR)分型技術對該連鎖群的3個scaffolds中插入/缺失型突變位點進行篩選,以降低分型成本,同時將篩選出的7個多態性位點與草魚幼魚生長性狀進行關聯分析。結果顯示,(1)草魚3個scaffolds中44個插入/缺失型突變位點中有17個簡單重復序列(又稱微衛星,simple sequence repeats,SSRs),2個位點引物設計不成功,設計的25對引物中僅22對擴增和分型成功;(2)22個位點中僅有7對引物在4個親本中存在多態性,直接測序結果發現,STR分型技術不僅可準確對插入/缺失型突變位點進行分型,同時可降低分型成本;(3)將7個插入/缺失型突變位點與323尾選育F2草魚的生長性狀進行關聯分析發現,除了位點ID-10H和ID-41F以外,其余5個位點都與草魚幼魚的一個或多個生長性狀顯著相關,其中ID-6H與幼魚肥滿度性狀顯著相關,位點ID-11F、ID-15F、ID-32F和ID-39F分別與草魚幼魚體質量、體長、體寬和體高性狀顯著相關,可將以上5個與草魚幼魚生長性狀相關的突變位點用于草魚生長性狀QTL加密和分子標記輔助育種。
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