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EB病毒再激活后鼻咽癌細胞系中基因表達差異分析

李明陽; 馬春霞; 吳翰欣; 吳小海; 俞建昆 中國醫(yī)學科學院北京協(xié)和醫(yī)學院醫(yī)學生物學研究所中心實驗室; 云南昆明650118; 昆明醫(yī)科大學附屬第二醫(yī)院; 云南昆明650118

摘要:目的:利用生物信息學方法從EB病毒再激活的鼻咽癌細胞系基因表達譜中篩選差異表達基因,并分析它們之間的互相作用關(guān)系。方法:利用edg R包等相關(guān)軟件從基因表達譜中篩選差異表達的基因,分析它們之間的互相作用關(guān)系,并對其進行在線GO分析、KEGG富集分析及蛋白互作分析。結(jié)果:共篩選出4496個差異表達基因,包括1954個上調(diào)基因和2542個下調(diào)基因。GO分析結(jié)果顯示,差異表達基因在生物過程(BP)中顯著富集,包括病毒應答、Ⅰ型干擾素信號通路、γ干擾素介導的信號傳導途徑、病毒防御反應、膽固醇生物合成過程、氧化還原過程、類異戊二烯生物合成過程、類固醇代謝過程、脂質(zhì)代謝過程和花生四烯酸代謝過程;在分子功能(MF)中,包括絲氨酸型內(nèi)肽酶活性、蛋白同二聚化活性、醛脫氫酶(NAD)活性、氧氣結(jié)合、3-氯烯丙基醛脫氫酶活性、血紅素結(jié)合、谷胱甘肽轉(zhuǎn)移酶活性、氧化還原酶活性、鐵離子結(jié)合和藥物結(jié)合;在細胞組分(CC)中,包括胞外體、細胞質(zhì)、細胞器膜、基底外側(cè)質(zhì)膜、胞外空間、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)膜、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)、過氧化物酶體、線粒體、頂端質(zhì)膜。KEGG通路分析顯示,差異表達基因在代謝途徑、抗生素生物合成、萜類骨架生物合成、化學致癌作用、丙型肝炎、膽汁分泌、細胞色素P450代謝外源性物質(zhì)、氨基酸生物合成、類固醇生物合成、精氨酸和脯氨酸代謝等信號通路中顯著富集。在蛋白互作分析網(wǎng)絡(luò)中篩選出10個節(jié)點度最高的核心基因MAPK3、IRF7、IRF9、IFI6、TRIM22、IFI27、OAS2、TRIM31、HLA-F和MX1。結(jié)論:通過基因芯片對比篩選,EB病毒經(jīng)化學物質(zhì)再激活后引起宿主細胞多個基因表達發(fā)生變化,為相關(guān)臨床研究提供了重要的信息基礎(chǔ)。

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